UEFA Intertoto Cup:
A nyári tornát az 1961–1962-es szezonban alapították, az UEFA csak 1995-ben vette át a rendezését, majd a 2008-as kiírás után szüntették meg. A tornán bármelyik csapat szerepelhetett egy adott ország bajnokságából, amelyik a legjobb helyek egyikén végzett az adott szezonban. A kupa ugyanakkor az UEFA Kupa selejtezőjében való szereplés lehetőségét is jelentette. Kezdetben két helyet biztosítottak, majd hármat, később 2006-ban 11-re növelték a helyek számát. Számos klub ellenben nem kedvelte a tornát, mert akadályozta a nyári felkészülést, így sokszor nem jelölték magukat indulóknak, annak ellenére, hogy jogosultak lettek volna rá. Ennek következtében az UEFA lehetővé tette, hogy a nemzeti bajnokságok lemondjanak az Intertotó helyeikről.
Az Atlético nem sokszor szerepelt ebben a kisebb sorozatban, és döntőt is mindössze egyszer játszott, ekkor a szintén spanyol Villareal győzte le tizenegyesrúgásokkal.
Az Atlético szereplése az Intertotó Kupában:
1968. A2 csoport (3. hely):
Torino – Atlético Madrid 5-2
Atlético Madrid – Torino 2-1
Atlético Madrid – Ajax 1-1
Ajax – Atlético Madrid 2-0
2004. (5. forduló, döntő):
3. forduló:
2004. 07. 17. Tescoma – Atlético 2-4
2004. 07. 24. Atlético – Tescoma 0-2
4. forduló:
2004. 07. 28. OFK – Atlético 1-3
2004. 08. 04. Atlético – OFK 2-0
5. forduló (döntő):
2004. 08. 10. Villareal – Atlético 2-0
2004. 08. 24. Atlético – Villareal 2-0 (11-esekkel: 1-3)
2007. (3. fordulós győztes):
2007. 07. 21. Gloria – Atlético 2-1
2007. 07. 28. Atlético – Gloria 1-0